El club se ha consagrado campeón de la máxima categoría del fútbol profesional en las ediciones de: 1977, 1980, 1993, 1995, 2004-II, 2010-I y 2011-II. Con varias participaciones en la copa Libertadores de América, Junior es el equipo más importante de la costa caribe colombiana y el quinto equipo más ganador del fútbol profesional colombiano. Además, representó en calidad de selección nacional a Colombia en un Campeonato Sudamericano (actual Copa América)
